Leçons tirées de l'épidémie de variole simienne en Afrique du Sud, une étude de cas: comparaison des cas suspects de variole du singe rapportés au système de surveillance des maladies à déclaration obligatoire et ceux rapportés au laboratoire

La variole du singe (mpox) est une maladie à déclaration obligatoire (MDO) en Afrique du Sud, et la loi exige une notification immédiate via le système national de surveillance électronique des maladies à déclaration obligatoire en cas de suspicion clinique, sur la base des définitions de cas de l'OMS1 - un cas suspect est tout patient présentant une éruption cutanée aiguë inexpliquée, des lésions des muqueuses ou une lymphadénopathie. En outre, les échantillons biologiques prélevés à des fins diagnostics sont envoyés aux laboratoires nationaux. Le Special Viral Pathogens Laboratory (SVPL) du Centre for Emerging Zoonotic and Parasitic Diseases du National Institute for Communicable Disease (NICD) est le laboratoire national de référence pour les tests de diagnostic et le séquençage de la mpox et tient sa propre liste linéaire, distincte de celle des MDO. Entre mai et septembre 2024, l’Afrique du Sud a enregistré 25 cas confirmés de variole. Tous les cas étaient des hommes et la plupart ont été identifiés comme des hommes ayant des rapports sexuels avec des hommes (HSH) dont l'âge médian est de 35 ans (IQR 28-38), une population clé particulièrement à risque pour la mpox2. Un seul cas a fait état d'un voyage en dehors de l'Afrique du Sud dans une période qui permettrait d'établir un lien entre le voyage et le moment de l'exposition au virus de la mpox ; cela qui indique une transmission locale du virus. L'absence d'identifiant unique pour les patients pose un problème pour l'établissement de liens entre les cas notifiés parmi les MDO et les échantillons testés dans le laboratoire de référence.

Les cas de mpox confirmés en laboratoire ont été saisis manuellement dans le système des MDO à des fins d'harmonisation et de tableau de bord, ce qui représente la plupart des cas liés. Seuls les cas positifs sont envoyés au SVPL par les laboratoires privés, pour une caractérisation plus poussée. Aucune donnée sur les individus dont le test est négatif n’est disponible dans les laboratoires du secteur privé. Cependant, le secteur privé dessert moins de 20 % de la population. Bien qu'une forte proportion de HSH soit signalée parmi les cas de variole dans le monde, les pratiques sexuelles ne sont pas recueillies parmi les cas suspects, et seul un clinicien avisé peut suspecter la variole chez les HSH présentant des symptômes prodromiques et une éruption maculopapuleuse. En raison de la possible stigmatisation, les pratiques sexuelles à risque des HSH peuvent ne pas être divulguées dans les établissements de santé sud-africains.

Une analyse rétrospective des données a été réalisée pour examiner le recoupement des cas suspects et comparer les cas suspects de mpox notifiés via le système MDO et les échantillons soumis au laboratoire spécial des pathogènes viraux. En l'absence d'un identifiant unique fiable dans ces données, les listes linéaires du MDO et du laboratoire ont été reliées par un appariement « flou » utilisant le score moyen de Jaro-Winkler de >0,81 pour les prénoms, les noms de famille, l'âge et le sexe via le package RecordLinkage de R.

Entre le 1 janvier et le 30 août 2024, 720 échantillons ont été soumis à des tests de laboratoire, avec une faible positivité de 3,5 % (25/720), et 287 cas cliniquement suspects de variole ont été notifiés via le système MDO. Le couplage a révélé que seuls 31 (6 %) cas suspects avaient été enregistrés dans les deux systèmes. L'âge médian des cas suspects dans les bases de données des laboratoires et des notifications cliniques était le même (26 ans, IQR 16-37). Les cas confirmés de variole étaient en moyenne dix ans plus âgés que les cas suspects dans les données de laboratoire (p< 0,05). Les hommes représentaient 64 % des cas notifiés et 63 % des échantillons soumis, mais 100 % des cas confirmés. Il n'y a pas eu de périodes prolongées pendant lesquelles aucune notification ou aucun échantillon n'a été soumis ; cependant, parmi tous les cas confirmés, des intervalles de plus de la période d'incubation moyenne de 21 jours ont été observés entre des cas confirmés consécutifs.

La faible positivité des échantillons soumis aux tests suggère une application sensible et large de la définition de cas. Toutefois, les différences d'âge et de sexe entre les cas suspects et les cas confirmés indiquent que la suspicion dans la population des HSH âgés de 30 à 40 ans, où la transmission est probable6, peut être insuffisante - un faible indice de suspicion a été mis en évidence dans un rapport de cas en 20247. Les écarts supérieurs à la période d'incubation moyenne entre les cas confirmés consécutifs suggèrent une transmission communautaire non détectée; peut-être une fonction du faible indice de suspicion des cliniciens malgré la définition de cas large. En outre, les cas suspects pour lesquels des échantillons ont été prélevés et envoyés pour analyse n'ont pas été notifiés en même temps par le système MDO, et vice versa ; tous les cas suspects rapportés ne semblent pas avoir bénéficié d’échantillons prélevés pour un diagnostic biologique.

Leçon apprise : La mise en relation de ces ensembles de données a montré qu'en Afrique du Sud, une définition de cas large ou sensible est utile lorsque la transmission semble faible, mais qu'elle doit être adaptée en fonction des informations épidémiologiques au fur et à mesure de l'évolution de l'épidémie. Dans le cas de l'Afrique du Sud, la définition de cas suspect de variole du singe, bien que sensible, ne semble pas avoir été appliquée à la population où la transmission était probable. Le rôle de la stigmatisation dans la sous notification de comportements à risque ne peut être ignoré. Cela affecte sans doute la capacite qu’ont les cliniciens de soupçonner la variole du singe chez leurs patients. Afin d'améliorer la surveillance de la variole en Afrique du Sud, plusieurs webinaires ont été organisés à l'intention des cliniciens dans tout le pays pour mettre l'accent sur la présentation clinique de la variole du singe et discuter de l'épidémiologie de l’épidémie. Des activités de communication sur les risques et d'engagement communautaire avec les populations clés et les organisations non gouvernementales (ONG) sont également mises en œuvre, notamment des évaluations qualitatives rapides, qui constituent un outil essentiel pour intégrer le point de vue de la communauté dans les situations d'urgence en matière de santé publique. Des efforts sont en cours pour intégrer la surveillance de la mpox dans la surveillance du VIH et des IST, y compris dans les cliniques servant de sites sentinelles pour les HSH. Le profil des cas rapportés ainsi que celui des individus testés doivent être suivis de près afin de s’assurer que tous les cas suspects bénéficient d’un diagnostic biologique et sont rapportés. Le ministère de la santé s’est penché sur l’attribution d’un identifiant unique en adaptant le système d'enregistrement des patients (Health Patient Registration System). Ce système est en cours de mise en œuvre mais n'était pas disponible pour les données analysées. L'adoption universelle de ce numéro permettra d'établir des liens horizontaux efficaces entre les systèmes de données sur la santé ; en attendant, des pratiques d'appariement flou peuvent être utilisées pour relier les données de santé dans le but d’informer les actions de santé publique. L'établissement de liens entre les sources de données existantes peut permettre d'élucider des facteurs de risque supplémentaires, ce qui permettra d’affiner la définition de cas. En Afrique du Sud, la définition de cas reste sensible en raison de l'introduction potentielle du clade I et l'indice de suspicion des cliniciens a été affiné grâce aux webinaires mentionnés ci-dessus. La mise en œuvre d'une définition de cas pour les périodes d'épidémie peut s’avérer utile, mais il convient de rester attentif à toute confusion qui pourrait subvenir.